Seguendo un tatuaggio sulla spalla di una ragazza, l’hacker Neo scopre che la cosiddetta “realtà” è solo un impulso elettrico fornito al cervello degli umani da un’intelligenza artificiale. Per sopravvivere alla catastrofe l’umanità ha infatti avuto bisogno delle macchine, ma queste hanno vinto e necessitano degli uomini come fonte di energia. L’illusione in cui li fanno vivere è quindi finalizzata a “coltivarli” meglio. Nessuno è a conoscenza del tempo che è passato da quando il neurosimulatore ha assegnato una data fittizia al tempo. Solo Neo, con l’aiuto del pirata informatico…

Thomas e gli altri ribelli non si sono ancora dati per vinti e, mentre il mondo va sempre più in malora, continuano a lottare per proteggere i propri amici, in particolare per salvare Minho e altri giovani catturati da Wicked e fuggire poi insieme a loro verso lidi migliori con una nave. Quando si accorgono che Minho non è però tra i ragazzi che hanno estratto da un treno in corsa, Thomas decide di andare nella tana del leone, in una città fortificata da Wicked per fare un ultimo tentativo…