Una delle nove Muse scende sulla Terra con il nome di Kira e un paio di pattini a rotelle ai piedi. Qui incontra Sonny, disegnatore poco ispirato e con la testa fra le nuvole, che cerca di dare una svolta alla propria vita. Kira, Sonny e un ex clarinettista in disarmo cercano di mettere in piedi un locale da ballo. Quando Kira, per Amore di Sonny, rinuncia all’immortalità, diventa la star del locale che si chiamerà “Xanadu”.
Alex è un giovane senza arte né parte, figlio di proletari e dedito a furti, stupri e omicidi. Fa capo a una banda di spostati, denominati drughi. Dopo aver usato violenza alla moglie di uno scrittore finisce in carcere. Viene sottoposto ad angherie ma si fa amico un prete. Pur di essere scarcerato accetta il “trattamento lodovico”, che consiste nell’assistere a filmati di violenza. Quando esce scopre che i genitori hanno subaffittato la sua stanza. Senza poter reagire, dovrà subire violenza da alcuni mendicanti vendicativi, dai drughi diventati poliziotti e…
Il giovane Milo Thatch, cartografo e linguista, sogna di portare a termine il sogno del nonno, famoso esploratore: ritrovare la mitica Atlantide. In possesso di una mappa, Milo decide di unirsi alla spedizione del capitano Rourke e parte alla ricerca dell’isola scomparsa. Giunti a destinazione, i nostri incontrano la Principessa Kida e scoprono che la città è ancora abitata: l’energia di un cristallo ha fatto sì che la popolazione potesse sopravvivere. Il capo della spedizione, però, da sempre al corrente dei poteri magici dei cristalli, ha in mente di impossessarsene…
Neo è in coma nell’infermeria della Hammer, ma la sua mente si trova intrappolata in una sorta di limbo situato tra il mondo reale e matrix. Il creatore del limbo virtuale è un nuovo personaggio, enigmatico e misterioso quanto la figura del fabbricante di chiavi, ma con un dentista decisamente peggiore. Toccherà ai compagni di Neo l’arduo compito di liberarlo, tornando nel castello del Merovingio, che muove i fili del gioco. Riuscirà Zion a resistere all’inesorabile avanzata delle macchine? Potrà l’eletto sconfiggere il suo nemico giurato, l’agente Smith?
Ora Neo controlla perfettamente i suoi straordinari poteri e Zion è assediata dall’Esercito delle Macchine. Solo poche ore separano l’ultima enclave umana sulla Terra da 250.000 Sentinelle programmate per distruggere il genere umano. Ma i cittadini di Zion, incoraggiati dalla convinzione di Morpheus che L’Eletto adempierà la Profezia dell’Oracolo e metterà fine alla guerra con le Macchine, puntano tutte le loro speranze su Neo, che si ritrova bloccato da visioni sconvolgenti. Resi più forti dall’amore e dalla fiducia che li lega, Neo e Trinity scelgono di tornare in Matrix con…