Neo è in coma nell’infermeria della Hammer, ma la sua mente si trova intrappolata in una sorta di limbo situato tra il mondo reale e matrix. Il creatore del limbo virtuale è un nuovo personaggio, enigmatico e misterioso quanto la figura del fabbricante di chiavi, ma con un dentista decisamente peggiore. Toccherà ai compagni di Neo l’arduo compito di liberarlo, tornando nel castello del Merovingio, che muove i fili del gioco. Riuscirà Zion a resistere all’inesorabile avanzata delle macchine? Potrà l’eletto sconfiggere il suo nemico giurato, l’agente Smith?

Ora Neo controlla perfettamente i suoi straordinari poteri e Zion è assediata dall’Esercito delle Macchine. Solo poche ore separano l’ultima enclave umana sulla Terra da 250.000 Sentinelle programmate per distruggere il genere umano. Ma i cittadini di Zion, incoraggiati dalla convinzione di Morpheus che L’Eletto adempierà la Profezia dell’Oracolo e metterà fine alla guerra con le Macchine, puntano tutte le loro speranze su Neo, che si ritrova bloccato da visioni sconvolgenti. Resi più forti dall’amore e dalla fiducia che li lega, Neo e Trinity scelgono di tornare in Matrix con…